Русский геном

Показано распределение плотности покрытия генома полученными на обоих платформах данными. По оси абсцисс отложена средняя плотность покрытия (сколько чтений картировалось поверх каждого нуклеотида), по оси ординат представлено количество полукилобазных фрагментов с данным покрытием.

Представлен график зависимости количества парных чтений от длины референсной последовательности (длины вставки, insert size), находящейся между ними. Картирование производилось на референсный геном человека hg18, для данных платформы GAII использовался Eland, для данных платформы SOLiD — BWA.

Произведён расчёт покрытия генома чтениями платформ GAII и SOLiD, для чего использовались программы soap.coverage и Corona Lite matching pipeline, соответственно. Для каждой позиции (т. е., понуклеотидно) вычислялось количество откартированных на неё чтений.

График наполнения генотипированных на микроматрице ДНК однонуклеотидных полиморфизмов данными по секвенированию генома. Из данных картирования (Eland для GAII, BWA для SOLiD) определялось, какое количество ОП хотя бы раз попало под картированное чтение.