Русский геном

Были проанализированы возможные варианты взаимного расположения и направления парно-концевых чтений. Первый и основной вариант — чтения картируются на референсный геном в соответствии с логикой приготовления библиотеки. Для платформы GAII это означает, что два чтения ориентированы навстречу друг другу (т.е., 5'→3' и 5'←3'). Для SOLiD же стандартом являются сонаправленные чтения (5'→3' и 5'→3'). Второй и третий варианты — это отход от нормального расположения, возможный в том случае, если исследуемый геном имеет существенные перестройки в рассматриваемом районе — тогда порядок чтений будет нарушен один или два раза, соответственно.

Представлен график зависимости количества парных чтений от длины референсной последовательности (длины вставки, insert size), находящейся между ними. Картирование производилось на референсный геном человека hg18, для данных платформы GAII использовался Eland, для данных платформы SOLiD — BWA.

Произведена проверка совпадений между аллельными вариантами однонуклеотидных полиморфизмов (ОП, SNP), определенных с помощью секвенирования и генотипирования на микроматрицах ДНК.
С помощью микроматриц ДНК Illumina 660W-quad в исследованном геноме были определены аллельные варианты 588 702 полиморфизмов (далее они обозначаются как мОП). В свою очередь, полученные при секвенировании чтения были картированы на референсный геном hg18; для тех из них, координаты которых пересекались с координатами мОП, и был произведён сравнительный анализ. Количество ОП, на которые было откартировано хотя бы одно чтение на платформах GAII и SOLiD, составило 581 596, или 98,8% от общего количества мОП.

В результате секвенирования транскриптома было получено 73 908 846 непарных чтений длиной 72 нуклеотида. Контроль качества (встроенный в Illumina Genome Analyzer Pipeline) прошли 58 936 370 чтений. Количество ошибок в чтениях возрастает к 3' концу, поэтому для улучшения качества картирования все чтения были обрезаны с 3' конца до длины 55 нуклеотидов. Полученные чтения были картированы программой Eland на референсный геном hg18.

График наполнения генотипированных на микроматрице ДНК однонуклеотидных полиморфизмов данными по секвенированию генома. Из данных картирования (Eland для GAII, BWA для SOLiD) определялось, какое количество ОП хотя бы раз попало под картированное чтение.