Главная

Определение митохондриальной гаплогруппы

С помощью программного пакета Corona Lite была получена полная консенсусная последовательность митохондриального генома, среднее покрытие которой чтениями составило 291. Картирование производилось на референсную последовательность митохондриальной ДНК rCRS (revised Cambridge Reference Sequence, номер в GenBank: NC_012920, принадлежит к гаплогруппе H2). В результате сравнения реконструированной последовательности с референсной была установлена её принадлежность к гаплогруппе U5a, одной из наиболее распространённых в европейской части России.

Ниже приведена упрощённая таблица значений аллелей, определяющих гаплогруппу U5a; полный вариант таблицы находится в приложенном файле.

Гаплогруппа Позиция Референсный аллель (H2) Диагностический аллель Наблюдаемый аллель
L3 3594 C C C
N 10398 A A A
N 10400 C C C
N 10873 T T T
R 12705 C C C
UK 12308 A G G
U 11467 A G G
U5 9477 A A A
U5 16270 C T T
U5-sub 16399 A G G
U5a 14793 A G G
U5a 16256 C T T

Также прилагается реконструированная консенсусная последовательность генома митохондрии.

ВложениеРазмер
haplogroup_m_ru.xls31.5 КБ
chrM.consensus.fasta16.58 КБ