Русский геном

ДНК для проекта «Русский геном» была взята у пациента Российского Онкологического Научного Центра имени Н. Н. Блохина РАМН (мужчина пенсионного возраста, диагноз — рак почки).
Выбор человека-донора биологического материала происходил на основе результатов анализа данных полногеномного генотипирования этнических групп Российской Федерации методом главных компонент (научная статья готовится к публикации). Был выбран образец, расположенный на двумерной карте в координатах первой и второй главных компонент (PC1-PC2) в области группы этнических русских.

Первая стадия

Проект разбит на несколько стадий. Первая стадия — полногеномное секвенирование ДНК здоровых соматических клеток — прошла в 2009 году. «Русский геном» вошёл в первую десятку отсеквенированных в мире геномов человека.
Источник биологического материала: артериальная кровь (белые кровяные тельца).
Метод получения ДНК: геномная ДНК была выделена из крови лизисным методом в присутствии Протеиназы К. Очистку проводили последовательно щелочным фенолом, смесью фенол-хлороформа и хлороформом.
Приготовление геномных библиотек проводилось согласно протоколам и рекомендациям производителей оборудования.
Секвенирование проводилось с использованием двух технологических платформ, разработанных компаниями Illumina и Applied Biosystems. Платформа Genome Analyzer II (Illumina) использует метод детекции флуоресцентных сигналов меченых нуклеотидов, включающихся в процессе синтеза in situ в состав поверхностных молекулярных кластеров. Длина чтения составляла по 36 нуклеотидов с обоих концов последовательностей библиотеки, всего было использовано 14 проточных ячеек. Платформа SOLiD (Applied Biosystems) базируется на технологии лигазного секвенирования. Длина чтения на этих приборах составляла по 25 нуклеотидов с каждого конца, было использовано 9 проточных ячеек.

Вторая стадия

В четвёртом квартале 2009 года было произведено секвенирование транскриптома здоровых клеток организма, т.е. определение последовательностей множества экспрессируемых в этих клетках РНК.
Источник биологического материала: артериальная кровь (белые кровяные тельца).
Метод получения РНК: тотальная РНК была выделена из крови тризольным методом согласно протоколу производителя.
Секвенирование проходило на приборе Genome Analyzer II, использовано 3 из 8 дорожек одной проточной ячейки. Длина чтений составляла 72 нуклеотида с обоих концов.

Последующие стадии

Далее планируется провести секвенирование генома и транскриптома клеток опухоли, а также определение метилома (состояния метилирования ДНК по всему геному).