Комбинирование двух технологических платформ для полногеномного секвенирования человека
В настоящее время стремительно развиваются новые технологии секвенирования ДНК, позволяющие быстро и эффективно определять особенности организмов на уровне строения их геномов. В данном исследовании впервые в России было проведено полногеномное секвенирование человека (русского, мужчины) с использованием двух из представленных на современном рынке технологий – циклического лигазного секвенирования SOLiD™ (Applied Biosystems) и технологии секвенирования на молекулярных кластерах с использованием флуоресцентно меченных предшественников на приборе GAII (Illumina). Общее количество накопленных данных о ДНК исследованного генома составило 108.3 млрд нуклеотидных оснований (60.2 млрд с помощью технологии Illumina и 48.1 млрд с помощью технологии SOLiD). Проведенный статистический анализ результатов показал, что данные секвенаторов GAII и SOLiD дают информацию приблизительно о 75 и 96 процентов генома соответственно. Точность определения коротких полиморфных районов приблизительно одинакова у двух платформ, однако за счет меньшей плотности покрытия платформа SOLiD может предсказывать меньшее количество полиморфизмов. Был установлен оптимальный алгоритм использования новейших методов определения первичной последовательности ДНК при секвенировании индивидуальных геномов человека. Данное исследование является первой российской работой по полногеномному секвенированию человека.
Xарактеристика генома русского мужчины на основе анализа однонуклеотидных полиморфизмов и реконструкции последовательностей ДНК
Ранее нами было проведено ресеквенирование генома клеток крови больного раком почки (результаты депонированы в базу данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) под номером SRA012240). В представленной работе мы определили координаты однонуклеотидных полиморфизмов (ОП) этого генома и сравнили их с координатами полиморфных участков в некоторых опубликованных геномах других людей. Нами выявлено всего 2 921 724 ОП, причем 1 472 679 из них описаны впервые. Анализ ОП позволил определить 63 462 ОП Y-хромосомы и на основании 18 маркеров отнести ее к гаплогруппе R1a1a, доминирующей у русских мужчин. Митохондриальная гаплогруппа определена как весьма распространенная в Европейской части России гаплогруппа U5a. С целью поиска специфичных для исследуемого генома протяженных нуклеотидных последовательностей ДНК проведена реконструкция генетических текстов (более 100 нуклеотидов) de novo на основе коротких чтений, полученных ранее с использованием двух технологических платформ секвенирования – Illumina Genome Analyzer II (далее GAII) и Applied Biosystems SOLiD™ (далее SOLiD). Это позволило выявить специфичные для данного генома последовательности общей длиной 154 т.п.н. (для GAII) и 4.7 т.п.н. (для SOLiD).
Genome-wide association study of renal cell carcinoma identifies two susceptibility loci on 2p21 and 11q13.3
We conducted a two-stage genome-wide association study of renal cell carcinoma (RCC) in 3,772 affected individuals (cases) and 8,505 controls of European background from studies and followed up 6 SNPs in 3 replication studies of 2,198 cases and 4,918 controls. Two loci on the regions of 2p21 and 11q13.3 were associated with RCC susceptibility below genome-wide significance. Two correlated variants (r² = 0.99 in controls), rs11894252 (P = 1.8 × 10‑8) and rs7579899 (P = 2.3 × 10‑9), map to EPAS1 on 2p21, which encodes hypoxia-inducible-factor‑2 alpha, a transcription factor previously implicated in RCC. The second locus, rs7105934, at 11q13.3, contains no characterized genes (P = 7.8 × 10‑14). In addition, we observed a promising association on 12q24.31 for rs4765623, which maps to SCARB1, the scavenger receptor class B, member 1 gene (P = 2.6 × 10‑8). Our study reports previously unidentified genomic regions associated with RCC risk that may lead to new etiological insights.
Статья находится на сайте журнала Nature Genetics. doi:10.1038/ng.723
International network of cancer genome projects
The International Cancer Genome Consortium (ICGC) was launched to coordinate large-scale cancer genome studies in tumours from 50 different cancer types and/or subtypes that are of clinical and societal importance across the globe. Systematic studies of more than 25,000 cancer genomes at the genomic, epigenomic and transcriptomic levels will reveal the repertoire of oncogenic mutations, uncover traces of the mutagenic influences, define clinically relevant subtypes for prognosis and therapeutic management, and enable the development of new cancer therapies.
Статья находится на сайте журнала Nature. doi:10.1038/nature08987
